vendredi 2 septembre 2016

THEME 1. ATMOSPHERE, HYDROSPHERE, CLIMAT. De l'atmosphère primitive à l'atmosphère actuelle (Spé)

Comme le climat est en grande partie du à la composition en gaz de l'atmosphère, nous allons nous intéresser à la composition des gaz de l'atmosphère et à son évolution depuis l'origine du globe, il y a 4,5 Ga.

Comment reconstituer la composition de l'atmosphère primitive et comment a t-elle évolué?

Le document suivant propose une des hypothèses de l'origine des planètes.


On considère aujourd'hui que les planètes et les météorites se sont formées en même temps par accrétion et collision avec d'autres corps céleste. On considèrent donc que la composition de météorites indifférenciées comme les chondrites correspond (en gros !) à la composition de la Terre primitive indifférenciées.


Une chondrite


L'analyse de la composition des gaz chondritiques permet de se faire une bonne idée de la composition originelle en gaz de la Terre.


Une autre piste est celle des gaz volcanique, qui correspondent à la fraction non dégazée des gaz originelles du globe.


On remarque que l'ordre de grandeur dans les deux cas est très proche. On peut donc considérer que l'hypothèse est bonne et que la composition en gaz de l'atmosphère primitive est une moyenne entre les valeurs ainsi déterminées (avec une forte marge d'incertitude).
Soulignons que la composition de l'atmosphère primitive reste une hypothèse et non un fait !
On peut donc établir un tableau de comparaison entre atmosphère primitive supposée et atmosphère actuelle mesurée.


On a pu ainsi construire une courbe d'évolution des gaz atmosphériques au cours du temps.
*Attention, ce graphe ne tient pas compte de la teneur en H2O de l'atmosphère primitive, de là la différence de pourcentage.

Trois gaz principaux interviennent donc dans la composition de l'atmosphère. nous allons en retenir deux qui ont un rôle biologique essentiel, le dioxyde de carbone (CO2) et le dioxygène (O2).

Comment expliquer la diminution du taux de CO2 au cours du temps dans l'atmosphère terrestre ?

Au début de l'évolution de la planète, la température de surface est très élevée. L'eau est donc à l'état de vapeur. Très vite la température de surface diminue entraînant la condensation de la vapeur d'eau. De plus, il semble que des météorites géocroiseurs (qui rencontrent l'orbite terrestre) ait augmenté la quantité d'eau liquide à la surface du globe. La courbe de dissolution du CO2 dans l'eau montre que plus la température baisse et plus la solubilité du CO2 augmente.



Comment expliquer l'apparition et l'augmentation du taux de dioxygène dans l'atmosphère terrestre au cours du temps ? Quels sont les indices que l'on peut utiliser ?

Sur les courbes d'évolutions du taux de dioxygène, on peut constater que celui-ci apparaît il y a environ 3 Ga. 


Comment a t-on pu fixer la date d'apparition de l'oxygène à la surface du globe ? 
Pour répondre à cette question, il faut s'intéresser à une formation géologique particulière, la formation de Barberton, en Afrique du sud, au niveau de la flèche rouge.


On trouve là des roches à l'aspect particulier, dit rubané, formées d'une alternance de couches rouges et de couches plus grises.


On a pu interpréter ces couche rouges comme des couches riches en oxydes de fer. Ces minerais de fer rubané (BIF) ne peuvent apparaître qu'en présence de dioxygène.


On a pu dater sur le terrain cette formation. On estime leur âge à environ 3 à 3,5 Ga. On pense donc que ces BIF représentent les plus anciennes traces de la présence de dioxygène sur la planète.
On sait que cette formation est le résultat d'un dépot sédimentaire. Cela signifie que l'apparition du dioxygène s'est fait dans le milieu océanique primitif.
Afin de démontrer la nécessité de deux éléments, le dioxygène et l'eau pour obtenir de l'oxyde de fer, on peut faire une expérience simple. 
On fait le montage suivant :


On rappelle que l'eau bouillie est désoxygénée dans des proportions importantes.
Au bout de quelques jours, on obtient les résultats suivants :


On constate que l'oxyde de fer n'apparait qu'en présence d'eau et de dioxygène.
Quelle put être donc, l'origine de ce dioxygène ?
La courbe suivante, présentant l'évolution du taux d'oxygène au cours du temps nous donne une indication précieuse, l'apparition des cyanobactéries.


Les cyanobactéries sont des procaryotes. Leur particularités est d'être verte, c'est à dire de contenir de la chlorophylle.

Anabaena au microscope optique


Une étude précise de la structure des cyanobactéries a pu mettre en évidence la présence de thylakoïdes qui sont les structures contenant la chlorophylle. Or la chlorophylle est le pigment qui permet la photosynthèse.


Le mécanisme de la photosynthèse est bien connu :

Dioxyde de carbone + eau = glucose + dioxygène

Le dioxygène est donc un produit secondaire de la photosynthèse. On peut estimer que c'est l'apparition de la photosynthèse qui a permis l'apparition du dioxygène sur Terre et donc par conséquent, l'oxydation du minerai de fer.
Encore actuellement, c'est l'activité photosynthétique des végétaux qui assurent la présence du dioxygène sur notre planète.
Dans l'océan primitif, il devait exister des grandes quantités de cyanobactéries. Des colonies cyanobactériennes sont connus encore actuellement, notamment au niveau de Shark Bay en Australie (flèche noire).


Ces colonies , connues sous le nom de stromatolites sont installées dans les zones intertidales (zones de balancement des marées). Ces colonies sont alternativement immergées et émergées.





Si on fait une coupe transversale dans un stromatolite, on constate l'existence d'une série de couches de carbonate de calcium (CaCO3).





La présence de ces masses de CaCO3 s'explique facilement. Lorsque le CO2 dissous dans l'eau est capté par les cyanobactéries, les ions hydrogénocarbonates solubles dans l'eau, passent à l'état de carbonates insolubles et précipites en donnant ces stromatolites.
Une expérience faite en laboratoire permet de constater que des cyanobactéries éclairées du genre Anabæna en suspension dans une eau riche en hydrogénocarbonate produisent des cristaux de carbonate bien visibles;



On connait des stromatolites fossiles de très grandes dimensions, comme dans le massif allemand du Harz.



THEME 1A. GENETIQUE ET EVOLUTION. Diversification génétique et diversification des êtres vivants(TS)

Nous avons vu que les crossing-over inégaux donnent naissance à des familles multigéniques, c'est à dire à de nouveaux gènes produisant de nouvelles protéines assurant de nouvelles fonctions. C'est un mécanisme important de l'évolution mais ce n'est pas le seul.

Les mécanismes de polyploïdisation

Chez les végétaux
Le blé est une céréale utilisée depuis fort longtemps.




Lorsqu'on étudie le caryotype des différentes espèces, on constate que le nombre de chromosome est différent d'une espèce à l'autre. 


On peut constater que le nombre de chromosome est multiplié par 2 lorsqu'on passe de Triticum monococcum à Triticum turgidum et par 3 lorsqu'on passe de T. monococcum à T. aestivum.
Cela signifie que que T. turgidum est tétraploïde et  T. aestivum hexaploïde. On appelle ces phénomènes des polyploïdisations.
Les mécanismes à l'origine de la polyploïdie sont variés. Ils proviennent soit d'une méiose, soit d'une mitose anormale.
On a ainsi pu reconstitué l'histoire du blé depuis son origine :

Il se pose alors un problème : si T. aestivum contient 3 fois les mêmes chromosomes provenant de T. monococcum, cela signifie qu'il contient plusieurs fois les mêmes gènes, ce qui est peu vraisemblable puisque chaque gène occupe un locus précis sur un chromosome déterminé.
Intéressons nous aux gènes codant pour des protéines intervenant dans la constitution du gluten, les gluténines. Nous travaillerons sur le gène A avec le logiciel Anagène
En ce qui concerne les ADN, on obtient les résultats suivants :
T. monococcum/T. turgidum : 34,3% de différences
T. monococcum/T. aestivum : 37,5% de différences
T. turgidum/T. aestivum : 27,1% de différences
En ce qui concerne les polypeptides (gluténines), on obtient les résultats suivants :
T. monococcum/T. turgidum : 60% de différences
T. monococcum/T. aestivum : 47,6% de différences
T. turgidum/T. aestivum : 78,6% de différences 
Les gluténines A sont donc différentes d'une espèce à l'autre. Cette exemple monte qu'outre la polyploïdisation, de nombreuses mutations ont permis une diversification importante des espèces de blé.  

Chez les Mammifères
Si le phénomène de polyploïdisation est assez courant chez les végétaux, il est, en revanche beaucoup plus rare chez les animaux et particulièrement chez le Mammifères.  
On connait depuis peu, le cas du Rat-Viscache de Barrera (Tympanoctomis barrerae) 

  

Les cas connus de polyploïdisation sont indiqués sur l'arbre ci-dessous :

Apparition de nouveaux groupes par symbiose

Les lichens constituent un groupe végétal très particulier; Les lichens sont capables de vivre dans des conditions extrêmes de froid ou de sécheresse.

Lichens poussant sur des troncs


Un grand nombre de lichens pousse directement sur la roche.


Le lichen des Rennes est une espèces qui peut pousser dans l'extrême nord de la Laponie. Il est alors la seule source de nourriture des troupeaux de Rennes.


Les lichens forment des thalles (c'est à dire des structures végétales qui n'ont pas de vaisseaux conducteurs de sève) qui ont des formes très variées selon les espèces.



Si on observe une coupe de lichen au microscope, on constate l'existence de deux types de cellules. Certaines sont allongées en forme de filaments : ce sont des cellules de champignon. D'autres sont arrondies, naturellement de couleur verte : ce sont des cellules d'algue.


Le lichen est donc l'association d'une algue et d'un champignon. Le texte suivant, écrit vers 1920, indique bien la nature de cette association :


Cette association à bénéfice réciproque est appelée une symbiose (vivre ensemble). L'algue produit pas photosynthèse des glucides que le champignon prélève en partie. En retour, le champignon protège l'algue contre le froid et la sécheresse. C'est ce qui explique la réussite extraordinaire des lichens dans les milieux extrêmes.
D'autres symbioses existent dans la nature (le Poisson-Clown avec l'Anémone de mer, Les Zooxanthelles avec les coraux) mais aucune autre n'a donné naissance à de nouveaux êtres vivants à part entières, caractéristique de processus évolutif.

Les gènes homéotiques et leurs mutations

L'adaptation au vol de la Chauve-souris

 Schéma de fonctionnement d'un gène homéotique

 
Carollia perspicillata est un petit Chiroptère frugivore d'Amérique du sud, d'un poids de 15 g environ.

Le squelette de l'aile de l'espèce est le suivant. Le doigt 1 correspond au pouce.


La chauve-souris et la souris ont environ le même poids. On peut donc facilement comparer la morphologie des deux animaux.
s = stylopode, qui correspond au bras pour le membre antérieur
z : zeugopode, qui correspond à l'avant bras pour le membre antérieur
a = autopode qui correspond à la main et les doigts pour le membre antérieur


L'étude comparée du développement embryonnaire des 2 espèces permet de constater que la croissance du membre antérieur, et particulièrement des doigts, est plus importante chez la chauve-souris que chez la souris



D'où provient cette différence de croissance ? 
On sait que le gène du développement PMP2 intervient dans l'ossification. Une comparaison entre les séquences protéiques BMP2 de souris et de chauve-souris montre 74,9% de différences. La protéine de chauve-souris est beaucoup plus courte que celle de souris.
On a entrepris de nombreuses expériences sur cette protéine, résultat de l'expression du gène BMP2.

Expérience 1 : traitement d'un membre de chauve-souris à la protéine BMP2


 
Expérience 2 : traitement de métatarsiens de rat à des doses croissantes de protéine BMP2


On constate :
1) qu'un augmentation du taux de protéine BMP2 sur un embryon de chauve-souris entraine une augmentation de la longueur des os antrérieurs
2) que lorsqu'on traite des métatarsiens de rat à la protéine BMP2 de chauve-souris, plus le taux de protéine administré est élevé, plus le métatarsien s'allonge.
On peut donc en conclure que la différence de séquence entraîne une différence d'expression et chez la chauve-souris, le taux de protéine BMP2 produit est beaucoup plus élevé que chez la souris.
  
Lors d'expériences, on a pu constater que l'expression d'un gène baptisé PRX1 est beaucoup plus importante chez la chauve-souris que chez la souris.

La chauve-souris est en haut


Ce gène code pour une protéine qui provoque l'allongement des os. Les souris mutantes pour ce gène présentent des anomalies de  croissance des os.


L'analyse de la séquence d'ADN du gène PRX1 chez la souris et chez la chauve-souris montre une différence très faible de 1,9%. En revanche, la séquence régulatrice présente 19,1% de différences. 
Rappelons par un schéma simple le rôle d'une séquence régulatrice :


Pour vérifier l'hypothèse selon laquelle, ce sont les variations de la séquence régulatrice qui provoquent la différence d'action de la protéine PRX1, des chercheurs ont procédé à une transgenèse selon le schéma suivant :


Le résultat obtenu quant  à l'action de la séquence régulatrice sur l'activité PRX1 est donnée sur le graphique suivant :


On constate que l'activité PRX1 est plus importante chez la souris transgénique que chez une souris normale. C'est donc bien la variation de la séquence régulatrice qui induit la variation d'activité du gène PRX1. 
L'ensemble de ces études sur 2 gènes du développement chez la chauve-souris montrent bien, les nombreux processus de modification et de diversification du vivant au niveau des plans d'organisation.
 
La transmission culturelle des comportements

Nous allons travailler sur un exemple fameux, celui d'un singe, le Macaque japonais (Macaca fusca).


Le Macaque japonais est très étudié car c'est une des espèces qui présentent la plus grande aptitude à modifier son comportement.
Une des premières observation a été l'apparition du comportement de baignade dans les eaux thermales chaudes durant l'hiver dans les années 50-60.


Un jeune s'est installé dans l'eau chaude, puis petit à petit un groupe de jeunes. En revanche, lessinges plus vieux ne changent pas de comportement. Ensuite, les jeunes devenus adultes transmettent aux jeunes cette activité. Il y a donc transmission d'une culture particulière à un groupe.
Il est à remarquer que la baignade est l'apanage des singes dominants.
Dans les mêmes années et selon le même mécanisme, dans une région différente du Japon, d'autres traditions sont apparus.
En premier lieu, le nettoyage des patates douces dans l'eau.


Une photo historique de la première observation du lavage des patates douces et de la transmission de la technique à un petit.


Plus tard, le même groupe de Macaque triera les grains de blé et les séparera du sable en les mettant dans l'eau de mer.
Plus récemment, on a pu observé chez certains groupes de Macaque, l'apparition d'un comportement de manipulation de pierres et sa transmission aux jeunes générations.


Tout ces comportement ont été récemment acquis et montre la capacité des animaux à transmettre des techniques acquises, parfois complexes.
Ces comportements acquis s'ajoutent à des comportements innés, par exemple l'épouillage chez le Macaque.


Ces comportements ritualisés permettent le maintient d'une hiérarchie, donc d'une cohésion du groupe. 
On a pendant longtemps pensé que l'innovation dans le domaine de l'acquisition de nouveaux comportements ou l'utilisation de nouveaux outils étaient une spécificité humaine. Les découvertes en éthologie de ces cinquante dernières années prouvent le contraire.
Aujourd'hui, ces transmissions intergénérationnelles de comportement sont considérées comme des facteurs d'évolution appartenant au domaine de l'épigénétique.
On voit que les processus de diversification d'une espèce sont très nombreux et très variés.